十二世纪中叶，日本爆发平治之乱。平、源两大家族相互角力，最终源家落败，源义朝（加藤雅也饰）也被乱军杀害。在此之后，义朝爱妻常盘（稻森泉饰）及两个孩子赖朝（池松壮亮饰）和牛若丸先后被强大的平清盛（渡哲也饰）俘虏，并暂时保得性命。数年过去，牛若丸与敌人的孩子共同成长起来。为防止将来对自己不利，清盛将常盘嫁与他人，并责令牛若丸出家。投身鞍马寺的少年经过数年磨练，终于成长为武功高强的青年豪杰（泷泽秀明饰）...

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察...