第一次宇宙大战后十年，是一个安定和平的年代，是地球重建的高潮阶段。一天，作战警报突然响起来了。在文化公园旁弃置多年的SDF－1突然开动起来，将一束粒子流射向天空。望着雨雾中的SDF－1，身为记者的神崎响露出了微笑。主炮自动开火这样的事在历史上只发生过一次，那是当年杰特拉蒂军初到太阳系的时候。那也是第一次宇宙大战的第一炮，凭着职业的本能响预感到有大事要发生了，就在这时他接到了去战场的指示。天顶星帝国...

距离正吾和他的朋友们回来已经过去了几百年。人们居住在“伊甸城”，一座由计算机系统统治的城市。这是为了避免重复过去人类的错误而采取的措施。然而，不喜欢这种控制的抵抗军开始了反攻行动。而统治者黄大的真实身份被揭露为矢萩正吾。当他返回地球时，创作者并没有认出他是7G操作员，担心他接触到不是虚拟而是人类的原初夏娃，变成了系统的傀儡黄戴塔。在摆脱其控制后，正吾立即去世，将剩下的事情托付给了本作的主角高中英二...