战国乱世时代，某地方的领主为了探听拥有狩又贞义的战力，秘密被派遣了的忍者。然而，完成任务的途中事情败露了，被狩又的精锐忍者部队『不死的忍』所败。背了巨大的行李的女人，文渡兰菊，寻找传说的忍者从寻找了加藤段藏，巧遇被追杀的下忍『睚弥三郎』，复仇的故事就此展开了...

这是以公元1969年(昭和44年)高度发展期间的日本为舞台的故事，高度的经济发展为日本带来了无限的展望，但谜の侵略者(インベーダー invader)却在背地里进行着破坏，为了对抗invader人类成立了地球防卫机构A.E.G.I.S. (Alien Exterminating Global Intercept System)，而具有打开异世界之门并用门之力与invader战斗的人们便被称为GATE...